上海市在高等教育方面创新经费使用方式，探索实施“三个打通”“三个转变”的经费投入使用方式，完善高校财务管理绩效评价制度，确保教育改革措施有效落地。

　　“三个打通”，即：在部门预算中，打通生均公用经费与经常性专项经费，提高地方高校生均公用经费定额标准，逐步降低专项经费拨款比例，逐步由以专项经费投入为主转向以经常性经费投入为主；在“十大工程”建设项目中，打通与地方高等教育内涵建设（085工程）相关的经费，即“高水平大学和一流学科专业建设工程”“高等学校知识服务平台建设工程”和“教育国际化重点建设工程”的经费。由学校在“分类指导、特色发展”框架内统筹使用，允许高校根据自身实际发展需要对项目方案进行调整。在教师队伍建设项目中，打通不同种类的高校教师队伍质量提升项目、计划和工程的经费，重点向高校教师队伍建设倾斜，推动地方高校绩效工资改革。“三个打通”旨在避免教育管理工程化、项目化倾向，减少硬件建设上的重复浪费，由注重具体的分散性项目向注重高校自主发展能力的整体性项目转变。

　　“三个转变”，即：在部门预算中，由过去的以专项投入为主转向以经常性投入为主；在市级专项投入中，由过去的以各专项分散投入为主转向以学校为单位的整体投入为主；在专项投入结构上，由以硬件投入为主转变为逐步增加人员经费支付比例，提高和改善教师待遇。“三个转变”旨在加大对高等教育经费支出结构的调整力度，促使高等教育经费投入方式与高等教育制度创新相适应，给予高校更大经费统筹权，增强高校自主发展能力。

　　完善高校财务管理绩效评价制度，自2009年起制定市属高校财务管理绩效评价指标，采用学校自评、相关处室评价、专家评分、现场抽查、综合评定方式，对市属高校财务管理绩效进行评价。同时，结合财政、审计部门新要求，将财政专项资金和会计年报审计结果等内容调整为常规绩效评价指标，同时引入会计领域中具有一定资质的第三方评价机构和教育评估机构分别进行评价，进一步提高高校财务管理水平。